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Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Ad-Aware PRO admite al menos 6 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Ad-Aware PRO son .BCKP. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Ad-Aware PRO. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Ad-Aware PRO.
Ad-Aware PRO se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Ad-Aware PRO e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Ad-Aware PRO.