Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Adobe After Effects admite al menos 29 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Adobe After Effects son .RPF. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Adobe After Effects. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Adobe After Effects.
Adobe After Effects se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Adobe After Effects e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Adobe After Effects.