Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Adobe Media Encoder admite al menos 18 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Adobe Media Encoder son .M4A. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Adobe Media Encoder. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Adobe Media Encoder.
Adobe Media Encoder se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Adobe Media Encoder e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Adobe Media Encoder.