Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. CCS64 admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite CCS64 son .C64. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en CCS64. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por CCS64.
CCS64 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de CCS64 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con CCS64.