Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Civilization 3 admite al menos 3 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Civilization 3 son .BIX. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Civilization 3. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Civilization 3.
Civilization 3 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Civilization 3 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Civilization 3.