Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy admite al menos 3 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy son .CK3. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.
Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.