Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Deus Ex admite al menos 3 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Deus Ex son .UTX. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Deus Ex. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Deus Ex.
Deus Ex se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Deus Ex e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Deus Ex.