Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Dex2Jar admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Dex2Jar son .APK. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Dex2Jar. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Dex2Jar.
Dex2Jar se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Dex2Jar e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Dex2Jar.