Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. DNA Baser Sequence Aligner admite al menos 1 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite DNA Baser Sequence Aligner son .BASEPROJ. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en DNA Baser Sequence Aligner. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por DNA Baser Sequence Aligner.
DNA Baser Sequence Aligner se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de DNA Baser Sequence Aligner e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con DNA Baser Sequence Aligner.