Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Doom 3 admite al menos 5 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Doom 3 son .SAVE. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Doom 3. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Doom 3.
Doom 3 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Doom 3 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Doom 3.