Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Football Manager 2009 admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Football Manager 2009 son .LNC. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Football Manager 2009. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Football Manager 2009.
Football Manager 2009 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Football Manager 2009 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Football Manager 2009.