Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. FreeSurfer admite al menos 1 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite FreeSurfer son .STATS. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en FreeSurfer. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por FreeSurfer.
FreeSurfer se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de FreeSurfer e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con FreeSurfer.