Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Helium Music Manager admite al menos 19 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Helium Music Manager son .FLAC. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Helium Music Manager. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Helium Music Manager.
Helium Music Manager se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Helium Music Manager e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Helium Music Manager.