Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Heretic 2 admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Heretic 2 son .MJ3. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Heretic 2. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Heretic 2.
Heretic 2 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Heretic 2 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Heretic 2.