Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. MISO-J admite al menos 1 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite MISO-J son .MD0. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en MISO-J. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por MISO-J.
MISO-J se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de MISO-J e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con MISO-J.