Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. MKVExtractGUI-2 admite al menos 1 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite MKVExtractGUI-2 son .MKV3D. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en MKVExtractGUI-2. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por MKVExtractGUI-2.
MKVExtractGUI-2 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de MKVExtractGUI-2 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con MKVExtractGUI-2.