Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Mobipocket Reader Desktop admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Mobipocket Reader Desktop son .AZW. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Mobipocket Reader Desktop. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Mobipocket Reader Desktop.
Mobipocket Reader Desktop se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Mobipocket Reader Desktop e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Mobipocket Reader Desktop.