Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Myst 3 Exile admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Myst 3 Exile son .M3S. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Myst 3 Exile. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Myst 3 Exile.
Myst 3 Exile se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Myst 3 Exile e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Myst 3 Exile.