Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. NetCOBOL admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite NetCOBOL son .CBL. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en NetCOBOL. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por NetCOBOL.
NetCOBOL se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de NetCOBOL e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con NetCOBOL.