Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. PGP Desktop admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite PGP Desktop son .PGP. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en PGP Desktop. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por PGP Desktop.
PGP Desktop se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de PGP Desktop e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con PGP Desktop.