Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. PIPE-FLO admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite PIPE-FLO son .PIPE. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en PIPE-FLO. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por PIPE-FLO.
PIPE-FLO se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de PIPE-FLO e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con PIPE-FLO.