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Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Quake 3 admite al menos 12 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Quake 3 son .PK3. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Quake 3. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Quake 3.
Quake 3 se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Quake 3 e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Quake 3.