Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Sequence Alignment and Modeling system admite al menos 21 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Sequence Alignment and Modeling system son .DIST. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Sequence Alignment and Modeling system. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Sequence Alignment and Modeling system.
Sequence Alignment and Modeling system se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Sequence Alignment and Modeling system e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Sequence Alignment and Modeling system.