Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Spybot - Search & Destroy admite al menos 6 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Spybot - Search & Destroy son .SBS. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Spybot - Search & Destroy. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Spybot - Search & Destroy.
Spybot - Search & Destroy se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Spybot - Search & Destroy e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Spybot - Search & Destroy.