Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Star Trek: Armada admite al menos 2 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Star Trek: Armada son .AID. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Star Trek: Armada. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Star Trek: Armada.
Star Trek: Armada se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Star Trek: Armada e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Star Trek: Armada.