Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. WhatCrypt Tools admite al menos 4 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite WhatCrypt Tools son .CRYPT. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en WhatCrypt Tools. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por WhatCrypt Tools.
WhatCrypt Tools se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de WhatCrypt Tools e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con WhatCrypt Tools.