Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. WhatsApp Tri-Crypt admite al menos 4 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite WhatsApp Tri-Crypt son .CRYPT. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en WhatsApp Tri-Crypt. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por WhatsApp Tri-Crypt.
WhatsApp Tri-Crypt se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de WhatsApp Tri-Crypt e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con WhatsApp Tri-Crypt.