Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Windows Media Encoder admite al menos 1 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Windows Media Encoder son .WME. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Windows Media Encoder. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Windows Media Encoder.
Windows Media Encoder se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Windows Media Encoder e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Windows Media Encoder.