Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Wolfenstein 3D admite al menos 3 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Wolfenstein 3D son .WL6. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Wolfenstein 3D. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Wolfenstein 3D.
Wolfenstein 3D se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Wolfenstein 3D e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Wolfenstein 3D.