Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator admite al menos 4 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator son .Y3A. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.
Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.