Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Zend Studio admite al menos 14 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Zend Studio son .PHP. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Zend Studio. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Zend Studio.
Zend Studio se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Zend Studio e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Zend Studio.