Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Apple Final Cut Pro admite al menos 13 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Apple Final Cut Pro son .CPI. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Apple Final Cut Pro. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Apple Final Cut Pro.
Apple Final Cut Pro se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Apple Final Cut Pro e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Apple Final Cut Pro.