Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. Wii Backup Fusion admite al menos 3 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite Wii Backup Fusion son .ISO. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en Wii Backup Fusion. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por Wii Backup Fusion.
Wii Backup Fusion se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de Wii Backup Fusion e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con Wii Backup Fusion.