Por defecto, todo el software admite múltiples extensiones de archivo. ZSNES admite al menos 22 extensiones de archivo diferentes. Los archivos básicos que admite ZSNES son .SFC. Sin embargo, no todas las extensiones enumeradas en la lista siempre se usan para guardar los efectos del trabajo en ZSNES. Muy a menudo, los archivos con tales extensiones se utilizan como archivos de datos de origen utilizados por ZSNES.
ZSNES se puede usar para convertir formatos de archivo entre las extensiones de archivo que se enumeran a continuación. Puede abrir un archivo con una de las extensiones de archivo a continuación a través de ZSNES e intentar guardarlo en otro formato de archivo, también compatible con ZSNES.